Zgodnie z zaleceniami WHO oraz Amerykańskiej Akademii Pediatrii stałym przeciwwskazaniem do wykonywania szczepień jest tylko reakcja anafilaktyczna na poprzednią dawkę szczepionki lub jakikolwiek jej składnik. Szczepienia odracza się czasowo w przypadku ostrego stanu chorobowego oraz zaostrzenia choroby przewlekłej. Dodatkowo przeciwwskazaniem do stosowania szczepionek żywych są głębokie zaburzenia odporności.
Natomiast przeciwwskazaniem do szczepienia NIE są: